Naujenes pagasts ir viena no Augšdaugavas novada administratīvajām teritorijām tā austrumos, Latgales daļā Daugavas labajā krastā. Robežojas ar sava novada Līksnas, Maļinovas, Biķernieku, Salienas, Vecsalienas un Tabores pagastiem, Krāslavas novada Izvaltas un Ūdrīšu pagastiem, kā arī Daugavpils pilsētu. Pagasta centrs atrodas Naujenē.
1935. gadā Naujenes pagasta platība bija 110 km². 1945. gadā pagastā izveidoja Jurīšu, Kokinu, Lāču, Sondarišķu un Vecpils ciema padomes, bet pagastu 1949. gadā likvidēja.
1954. gadā Vecpils ciemam pievienoja Jurīšu un Lāču ciemus, 1980. gadā - Sondarišķu un daļu Biķernieku ciema teritorijas, bet daļu Vecpils ciema teritorijas pievienoja Daugavpils pilsētai.
1990. gadā Vecpils ciemu pārdēvēja par Naujenes pagastu. 2009. gadā pagastu kā administratīvu teritoriju iekļāva Daugavpils novadā. 2021. gadā Daugavpils novadu kopā ar Ilūkstes novadu iekļāva jaunajā Augšdaugavas novadā.
