Pirmās mācību stundas mūzikas skolas skolēniem notika 1988. gadā, kad Špoģu vidusskolas telpās tika atvērta Ilūkstes mūzikas skolas filiāle, kurā mācības uzsāka 40 audzēkņi.
Bet 1990. gada 1. martā ar Daugavpils rajona Tautas deputātu padomes izpildkomitejas lēmumu tika nodibināta Špoģu Mūzikas un mākslas skola, kā arī skolai tika izveidota Kalupes filiāle. 1990. gada 1. septembrī Špoģu vidusskola uzsāka darbu jaunuzceltās skolas telpās un vecās skolas telpas tika nodotas Špoģu Mūzikas un mākslas skolai, bērnu interešu izglītības programmu Klavierspēles, Akordeona spēles, Flautas spēles un Horeogrāfijas klasēs īstenošanai. Skolu vadīja direktore Natālija Zariņa.
Ar 1993. gada 1. oktobri un līdz pat šai dienai skolu vada tās direktors Andrejs Repins. Līdzās esošajai mūzikas nodaļai 1993. gadā tika izveidota Mākslas nodaļa, bet Horeogrāfijas klase reorganizēta par Aktiermākslas klasi.
1997. gada 1. janvārī skola nodota Višķu pagasta padomes pakļautībā, un sākot ar 2002. gadu izglītības reformas ietvaros tika reorganizēta par profesionālās ievirzes izglītības iestādi.
2009. gada 1. jūnijā teritoriālās reformas ietvaros tika izveidota Daugavpils novada pašvaldība, kura pārņēma Mūzikas un mākslas skolu un kļuva par tās Dibinātāju, bet ar 2021. gada 1. jūliju, kārtējās teritoriālas reformas rezultātā, skolas Dibinātājs ir Augšdaugavas novada pašvaldība.
Šobrīd Špoģu Mūzikas un mākslas skolā audzēkņi iegūst profesionālās ievirzes izglītību Vizuāli plastiskās mākslas programmā un Klavierspēles, Akordeona spēles, Kokles spēles, Vokālās mūzikas – kora klases programmās.
Nodarbības notiek Špoģos un trijos skolas mācību punktos: Kalupē, Vabolē un Kalkūnē.
Paralēli mācībām skolā darbojas divas studijas.
Tautas lietišķas mākslas studija “Pūpoli” piedāvā dažāda vecuma jauniešiem un pieaugušajiem iegūt zināšanas un prasmes klūgu pīšanā. Studijas dalībniekiem ir iespēja kļūt par daiļamata meistaru, piedalīties novada, valsts un starptautiskā mēroga kultūras pasākumos.
Mūzikas studija “Lauku studija” piedāvā dažāda vecuma jauniešiem un pieaugušajiem iegūt praktiskās zināšanas un prasmes instrumentālās mūzikas izpildījumā (solo ģitāra, bass ģitāra, bungas, digitālās klavieres). Studijas dalībniekiem ir iespēja pilnveidoties un piedalīties novada, valsts un starptautiskā mēroga kultūras pasākumos.
Studiju nodarbības notiek pēc noteikta grafika un ir bez maksas.
